군사재판은 군사법원이 관할권을 갖는 재판이다. 최근 군사법원법이 개정되면서 고등군사법원 제도가 폐지되었지만 여전히 국방부 장관 소속으로 각 군 군사법원을 통합하여 설치된 중앙지역군사법원과 제1~4지역군사법원에서는 군사재판을 진행하고 있다. 살아가면서 재판을 받을 일이 거의 없기에 대부분의 시민들이 재판에 대해 잘 알지 못하는 것처럼 군인들 또한 군사재판에 대해 잘 알지 못하기에 군사재판을 받게 되어도 제대로 대응하지 못하는 경우가 많다.
군사재판은 군사법원법에 따라 현역에 복무하는 군인과 군무원 등 군인에 준하는 신분을 가진 사람들이 받게 된다. 설령 예비역이나 보충역, 전시근로역이라 하더라도 소집되어 복무 중이라면 범죄를 범하였을 때 군사재판을 받는다. 과거에는 이들이 행한 모든 범죄에 대하여 군사재판이 진행되었지만 요즘에는 법 개정에 따라 군인이 행한 성폭력 범죄와 군인의 사망을 초래한 범죄, 군인이 그 신분을 취득하기 전에 범한 죄는 민간에서 재판을 받게 되었다.
군사재판은 범죄의 특성상 군인 간 폭행이나 상해, 가혹행위, 상관모욕, 군인 간 성추행 등 군형법 위반 혐의에 대한 재판이 많이 이루어지는 편이다. 절차는 민간에서 진행하는 형사재판 절차와 매우 유사하다.
그러나 재판을 담당하는 기관은 민간과 차이를 보인다. 민간에서는 재판을 담당하는 판사와 공소권을 지닌 검사, 피고인을 변호하는 변호사의 소속이 명확히 구분되어 있다. 하지만 군사재판에서는 군법무관, 즉 판사나 검사, 변호사 자격을 지닌 군인이 군판사와 군검사, 국선 변호 장교 등을 맡는다. 각자 담당하는 역할은 다르지만 동일하게 군 소속인 것이다. 민간에서는 재판부의 독립성이 제도적으로 보장되어 있지만, 군에서는 군사 법원은 물론 재판을 진행하고 공소의 제기 및 유지를 하는 기관들이 모두 군 소속이므로, 민간에 비해 재판의 독립성 등에 대한 논란이 여전하다.
국방부검찰단 군검사 출신의 법무법인YK 김민혁 형사전문변호사는 “과거에는 법조경력이 없거나 미비한 군인이 군사재판에 관여할 수 있을 정도로 재판의 독립성, 공정성 등에 대한 논란이 많았다. 다행히 현재는 제도적 보완을 통해 과거에 비해 공정한 재판을 받을 가능성이 높아졌지만 여전히 민간과 다른 군사재판만의 특징이 있으므로 이를 염두에 두고 대비해야 한다. 군사경찰의 수사 단계에서부터 군 조직과 군 사법체계에 대해 깊이 이해하고 있는 변호사의 조력을 받아 대책을 마련하고 대응하는 것이 중요하다”고 말했다.